为应对疫情，南宁地铁1号、2号、3号线从2月3日起，对运营时间进行了临时调整，每日运行时间为6∶30—22∶00;行车间隔调整为1号线高峰6分钟，平峰8分钟，2、3号线全天8分钟。
在南宁东地铁站，广播循环播放“进入车站请佩戴口罩”的提醒，安检员穿戴防护服、佩戴护目镜、一次性手套、医护口罩，对每一名进站乘客进行体温测量。与以往相比，该站客流量大大减少。
为保证乘客的出行安全，目前，对体温超过37.3℃的乘客，车站会帮助该乘客办理退票，并将其带至隔离区，等候120安排车辆送医。与此同时，地铁站也会记录乘客相关信息，方便防疫部门后续跟踪。地铁隔离区及安检点在处置完后也会立即消毒。
在防护方面，地铁车厢每日分时段进行消毒，地铁车站在每日早、中、晚及关站后，都会进行四次消毒，涵盖所有乘客使用的设备设施，如电梯、购票机、出入闸机、垃圾桶、休息座椅、厕所等。对于乘客接触较多的单程票，南宁地铁每日会集中加封消毒，之后再重新投入使用。
需要提醒的是，根据政府部门的最新要求，为了切断传播途径，严防疫情蔓延和扩散，从2月4日起所有乘客必须佩戴口罩，未佩戴口罩将禁止乘坐地铁。乘客在乘坐地铁时，尽量通过南宁轨道、爱南宁、云闪付等手机APP或者南宁市民卡进站乘坐地铁，减少单程票的购买使用，达到切断病毒传播途径的目的。
